تقع كنيسة القديسة رفقه داخل السور الموجود به كنيسة رئيس الملائكة ميخائيل، وتتكون من خمس هياكل  الأوسط على اسم الشهيدة رفقه وأولادها والهيكلين من الناحية البحرية، احدهما على اسم الشهيد أبو سيفين والأخر على اسم الشهيد مار جرجس أما الهيكلين من الناحية القبلية، فاحدهما على اسم الشهيد ابانوب النهيسى والأخر على اسم مارمينا والبابا كيرلس.
 

هذا  وقد بنيت هذه الكنيسة تكريمًا لاسم الشهيدة رفقه التي ولدت وعاشت فى قرية "قمولا" ويوجد بالكنيسة، جزء من رفات الشهيده رفقه بالاضافه للعديد من رفات الشهداء والقديسين وبعض من المخطوطات الكنسيه

وفى يوم 26 يونيه 2010 تم عودة رفات الشهيدة رفقة وأولادها الخمسة إلى كنيستها بقرية قمولا بالأقصر بعدما كانت في مطرانيه طنطا.