استطاع تنظيم الاخوان بالداخل والخارج أن يكبل الوطن وان يمارس فيه كل أنواع الاختراق، فلم تسلم مؤسسة من المؤسسات من اختراق الاخوان لها، شاهدت ذلك وعايشته من خلال العمل الحزبى والعام ما بعد ثورة الخامس والعشرين من يناير، فاصبحت اتوقع فى اية لحظة أن اكتشف اشخاصًا لم يكن من الممكن ان يكونوا تابعين للاخوان، ولكن ما لم اتصوره أن يكون هناك علاقة قويه من جانب الاخوان بأحد الاساقفة.
 

لقد تحدث الكثيرون عن علاقة وطيدة بين الأنبا أرميا ومرشد الإخوان القابع خلف القضبان حاليًّا، ويقال أن أحد مذيعي قناة مار مرقس التابعة للأنبا ارميا قام بمقدمة طويلة فى برنامجه يوم 30/6/2013 يمدح فيه الرئيس المعزول محمد مرسى داعيا له ان يعينه الله على ما يقابله، فى الوقت الذى ثار فيه المصريون على هذا الحكم الفاشى. 
 

وتشير الدلائل أن للأنبا أرميا مكانته لدى الاخوان وزعيمهم فعندما قام محمد مرسى بتعيين نواب فى مجلس الشعب الأخوانى قام بتعيين سكرتيرة الانبا ارميا لتمثيل الكنسية فى مجلس الشعب لتكون اصغر نائبة بالمجلس وربما كانت الاصغر فى تاريخ المجلس، فالنائبة المُمثلة للكنيسة دخلت المجلس وعمرها 27 عاما ولا تمتلك من مقومات هذا المنصب العام سوى انها سكرتيرة الانبا ارميا. والواقع لم يُعرف عن مرسى إلا أنه  يكافئ الموالين والأهل والعشيرة على حساب الكفاءات الوطنية. 

 

ومؤخرًا توافق رأي الانبا ارميا مع رأى التيار السلفى، فيما يخص المادة الثالثة من الدستور ما ادى الى تعجب الجميع حتى دعى بعض الشباب لوقفة بعنوان "ارجع ديرك" ضد الانبا ارميا بسبب تصريحاته حول هذه المادة من الدستور. والسؤال ماذ اراد الانبا ارميا بهذه التصريحات علما بان ممثل الكنيسة باللجنة هو الانبا بولا الذى استاء هو الاخر مما صرح به الاسقف الانبا ارميا.

 

ولذلك أُذكر انا الضعيف بما قاله الكتاب" احترزوا اذا لانفسكم ولجميع الرعية التي اقامكم الروح القدس فيها اساقفة لترعوا كنيسة الله التي اقتناها بدمه"، وكما صان الله مصر من الضياع فإنه قادر على ان يحفظ الكنيسة المصرية القبطية كما قال فى الكتاب المقدس ايضًا " وعلى هذه الصخرة ابني كنيستي وابواب الجحيم لن تقوى عليها. نيافة الأسقف لماذا لا تتخذ من الدير ملاذًا لتكون أقرب من الله فهذا خيرًا من التقرب للبشر.