دير السلطان بتصدر واجهه الخلاف بين الكنيستين الأرثوزكسيتين المصرية والأثيوبية فى القدس
فلقد رفع الرهبان الأحباش العلم الأثيوبى لأثبات ملكيتهم له
بالرغم من ان السلطات الأسرائيلية فى حربها مع مصر سلمت الدير للاحباش بقوة من الجيش
مما اضطر الكنيسة المصرية لرفع قضيتها أمام المحكمة الإسرائيلية العليا التى قررت بكامل أعضائها إعادة مفتاح الدير لرهبان الأقباط وذلك فى مارس 1971....ولكن حتى اليوم ترفض اسرائيل تسليمه لهم وتزرع بذرة الخلاف بينهما
ولا ننسى فى 2017 الصدام بين القوات الأسرائيلية والرهبان الأقباط عندما قرر الرهبان الأحباش تجديد الدير بدون الرجوع للأقباط والخوف من ضياع الصور والرسومات القبطية التى تثبت هوية الدير حيث قال اسقف الدير انه مستعد للصرف على الصيانة والتجديث على حسابه بمعرفة مرمين ومهندسى اثار بمعرفته وهو ما رفضته سلطات الأحتلال
ومن الجدير بالذكر ان الدير القبطى استضاف الأحباش فى الدير لثلاثة قرون لعدم استطاعتهم الصرف على انفسهم كما ان الكنيسة الأثيوبية الأرثوزكسية كانت تتبع الكنيسة القبطية المصرية حتى وقت قريب حيث كان بابا مصر هو من يرأسها ولكن منذ وفاة الأمبراطور هيلاسلاسى الذى يعشق مصر وركوب منجستو ماريام الشيوعى بدأت اواصر فك الأرتباط مع الكنيسة المصرية
حتى اصبح النيل مصدر اخر للخلاف والعداء
