أبرز البلاغات المقدمة التي حصلت جريدة "الفجر" عليها, البلاغ رقم1332 لسنة2012, والمقدم من مواطن يدعى جاد الإسلام جاد من سكان منطقة مصر القديمة, يتهم فيها الجماعة بالاستيلاء على ضريح بمصر القديمة وتحويله لمقر للجماعة وحزبها.
 

وذكر في بلاغه أنه توجد قطعة أرض تابعة لوزارة الأوقاف والكائنة بشارع محمد الرشيدى بمصر القديمة, وكان يوجد بها ضريح ولا يجوز البناء عليها أو تغيير ملامحها, ولكن جماعة الإخوان قاموا بهدم الضريح والمبنى بالكامل وقاموا بالبناء عليه مقرا لهم بمصر القديمة.
 

وكذلك البلاغ رقم6740 لسنة2012, والمقدم من محمود العسقلاني منسق جمعية مواطنون يتهم فيه قيادات الإخوان بالتحريض على إقتحام قسم شرطة أول أسيوط على خلفية مقتل شاب يدعى محمد عبدالرحمن السويفي, برصاص مخبر شرطة أثناء فض إشتباك بين عائلتي رشدي وربيع بمنطقة غرب أسيوط, وهو الأمر الذي تطور إلى إعتصام أمام ديوان القسم من قبل أهل الشاب, مطالبين بالقصاص من القاتل.
 

وأضاف البلاغ أنه بتدخل قيادات الإخوان تحولت القضية لقضية سياسية, وجرى تحريض الأهالي بمحيط القسم بمعرفة إثنين من قيادات حزب الحرية والعدالة بأسيوط, وهما الدكتور وحيد حسن, والدكتور عبدالناصر الزهيري, على إقتحام القسم.
 

وأرفق بالبلاغ "CD" يظهر فيديو القياديين وسط الأهالي الغاضبة والمتعاطفين وبعض شباب الإخوان الذين قدموا لموقع الحدث بسيارتهم حاملين صور مرسي, ويظهر وحيد حسن وهو يحرض على إقتحام القسم, قائلا "هو شفيق نجح حتى يمارسوا القتل للشباب وتعود الشرطة لعهدها القديم".
 

إتهم البلاغ رقم1788 لسنة2012, المقدم من منظمة إتحاد المحامين محمد بديع المرشد العام للإخوان وأعضاء الجماعة بالإساءة للدين وإستغلاله في الدعاية الانتخابية, وأن الجماعة خلال صراعها مع المرشح المنافس الفريق أحمد شفيق, إستغلت الدين بأسوأ الصور.
 

وذكر البلاغ, أن أعضاء الجماعة باتوا يكررون أن خصمهم صرح بأنه سيحذف آيات من القرآن, وهو ما يعد حضاً لازدراء الدين الإسلامي إذ أن مثل هذا الكلام لو كان قد تحقق لكانت نتيجته تطبيق القانون الرادع فوراً، إلا أن حقيقة الأمر أنه لم يحدث, وهو ما يعد إستغلالا للإخوان في الحض على ازدراء الدين الإسلامي خاصة وأن الجماعة مفترض أنها دينية دعوية.
 

وأن ما فعلته الجماعة ينذر بأمر خطير مستقبلا, فالأمر ليس له علاقة بأي انتخابات رئاسية أو أي منافسة، بل إنه بتكرار ترديده يكون دعوة إلى التطاول على الدين وإزدراء الدين الإسلامي.
 

والبلاغ رقم1694 لسنة2012, المقدم من حركة شباب التحرير, للتحقيق مع الدكتور عصام العريان نائب رئيس حزب الحرية والعدالة, وأحمد بن ناصر رئيس جهاز المخابرات القطرية, لقيام الأخير بدخل البلاد بجواز سفر عادي, وضبطت حقائب معه بالمطار, وبتفتيشها وجدت أموال تقدر بمئات الملايين من الدولارات, وبمواجته, كشف عن شخصيته "الدبلوماسية", فسمحت له السلطات بتمرير الحقائب, وإدخالها على أنها حقائب دبلوماسية, وهي بالحقيقية أموال تمويل خارجي, تهدف لتنفيذ مخطط أجنبي يضر بالأمن القومي للبلاد.
 

وأن الواقعة مصورة بالصورة والصورة, بكاميرات المطار, والمريب أن زيارة رئيس المخابرات ليست رسمية, وحاول دخول البلاد, بطريقة سرية, ولم يعلن عنها, وتقابل عقب الخروح من المطار مباشرة, بعصام العريان, ومنحه هذه الأموال.
 

وأيضا البلاغ رقم1595 لسنة2012 المقدم من إتحاد الثورة المصرية, يتهم الإخوان ومرسي بسرقة مشروع "النهضة", وأن الإتحاد قام بإنشاء مشروع أطلقوا عليه إسم "المشروع القومي لنهضة مصر على المدى القريب والبعيد", وقاموا بإصداره وطبعه وتوزيعه ونشره بتاريخ 11فبراير عام2011, بعدد من وسائل الإعلام والإنترنت.
 

إلا أنهم فوجئوا بجماعة الإخوان ومرشحهم الرئاسي, قاموا بسرقة أفكارهم وإقتبسوا المشروع بالكامل من النسخ الموزعة للمشروع ومن الإنترنت ووسائل الإعلام, وأصدروه بإسمهم ونسبوه لهم, وأطلقوا عليه إسم مشروع النهضة, ووضعوه كدعاية لهم ضمن البرنامج الانتخابي.

كما إتهم إئتلاف المصري لحقوق الطفل الرئيس مرسي بإستغلال الأطفال في الدعاية الانتخابية بسوهاج,  وأن الرئيس إنتهك حقوق الطفل، وقوانين الطفل الصادرة وهي القانون رقم12 لسنة1996، والمعدل برقم126 لسنة2008، وكذلك المادة96 من قانون الطفل المصرى، والذي ينص على عدم استغلال الأطفال في اي دعاية انتخابية لأى مرشح رئاسي.
 

وطالب الإئتلاف بتوقيع أقصى العقوبة على المتورطين فى استغلال الأطفال وفقًا لنص القانون، خاصة وأنه عرض مستقبلهم الدراسى جميعًا للخطر، فمعظمهم طلبة مدارس.
 

وفي البلاغ رقم1688 لسنة2012, وعدة بلاغات أخرى أتهمت الجماعة بقتل المتظاهرين خلال الثورة وفي "موقعة الجمل", وأتهم فيها الداعية الإسلامى صفوت حجازى، الدكتور محمد البلتاجى عضو الجماعة, محمد بديع المرشد العام للجماعة.
 

حيث قاموا بقتل المتظاهرين السلميين عن طريق استئجار قناصة من كتائب القسام وحركة حماس الفلسطينية لمساعدتها فى السيطرة على الميدان, وكذلك الإستعانه بحركة حماس في إقتحام السجون يوم جمعة الغضب.
 

والبلاغ رقم1823 لسنة2012, الذي إتهم فيه سعد الدين نجيب المحامى المهندس خيرت الشاطر القيادي الإخواني بالتحريض والعصيان ضد نظام الدولة, حيث أكد أن الثورة القادمة ستكون دموية وكارثية, وهو تحريض على إراقة الدماء والإنقلاب على الحكم والنظام فى الدولة باستغلال الثورة.

وأخيرا والأهم وهو الملف الصحي للرئيس محمد مرسي, والذي إفردت الفجر بنشره في العدد  قبل الماضي, والذي قدم به بلاغ من أستاذ زميل لمرسي بجامعة الزقازيق يؤكد إصابته بالصرع وإجراءه عملية جراحية.