وفي تصريحات لـالأهرام نفي مكاوي ما رددته الأجهزة الاستخبارية والأمنية عن كونه الرجل الثالث في تنظيم القاعدة المعروف بلقب سيف عدل الإسلام, مؤكدا أنه لم ينتم من الأساس إلي تنظيم القاعدة وكانت علاقاته بالتنظيم وأسامة بن لادن انسانية فقط, وانتهت من أعوام بعدم اعتناقه أفكارهم وشعوره بأنهم صناعة أمريكية, ولم يشارك في التخطيط أو تنفيذ عمليات لهم خلال الأعوام التي قضاها سواء في باكستان أو أفغانستان.
 

وقال إن تلك الشائعة نشرت بواسطة الأجهزة الاستخبارية ولكن للأسف لم تؤكد أو تنفي من تنظيم القاعدة.
 

وعن قصة خروجه من مصر قال مكاوي إنه كان يعمل ضابطا بالقوات المسلحة المصرية, ولكن قدم استقالته عقب توقيع معاهدة كامب ديفيد لاعتراضه عليها, ولكن الاستقالة رفضت خوفا من اثارة أي صخب إعلامي يؤثر علي اتمام إبرامها.
 

وأضاف أنه منذ ذلك الحين بدأت المتاعب حيث تم اعتقالي لمدة6 أشهر بتهمة محاولة قلب نظام الحكم ضمن تنظيم الجهاد ولكن تم الإفراج عني بعد ذلك لعدم وجود أي أدلة, وسافرت إلي السعودية ثم أفغانستان والتحقت بفرق المجاهدين هناك ثم استقر بي الوضع داخل باكستان وتزوجت هناك من باكستانية وانجبت خمسة أبناء.
 

وأضاف أن قاعدة البيانات الخاصة به تم تسريبها من الجهات الأمنية المصرية بالرغم من أنها تعلم جيدا شخصيتي وقيل بعد مقتل أسامة بن لادن انه تم تعيين محمد مكاوي زعيما لتنظيم القاعدة ولكني كذبت كل هذا الكلام لأنه مجرد كذب لا يستند علي حقائق وأجريت عدة أحاديث صحفية إلا أنه للأسف تم اختصار بعض أجزاء منها ونشر الإعلام أكاذيب فقط.
 

وعن عودته للبلاد في تلك الفترة أكد أنه عقب الثورة اتصل بالقنصلية المصرية بباكستان طالبا العودة إلي مصر ولكن لم يتلق أي رد, فقام بترك هواتف المحمول الخاصة به وابنائه وكنت طلبت ضمانات للعودة إلي مصر بعدم التحقيق معي أو اعتقالي ولكنهم لم يقدموا لي أي ضمانات عند الاتصال بي طالبين مني العودة إلي مصر وبالفعل قاموا بحجز تذكرة سفر لي للعودة علي أن أسدد المقابل المالي للتذكرة بعد ذلك.