إتفقت معظم المصادر المسيحية والاسلامية على عدد من المشاكل التي واجهت الأفباط المسيحيون، منها الصراع بين الملكانيين واليعاقبة وتدخل المال في اختيار البطريرك، فبعد وفاة البطريرك الـ 73 (مرقس الثالث) وكان هذا البطريرك من نسل عائلة كريمة شريفة وإسمه قبل تولية البطريركية أبو الفرج أبن ابو سعد وشهرته أبن زرعة، كان يمتهن التجاراة ويعيش فى العالم ناسكاً متبتلاً معروفاً لدى الجميع بفضله حتى وصفوه بأنه ذو همة ومروءة، عاقل ورزين وحازم، يحسن السياسة والتدبير كما أنه جليل مهيب نافذ الكلمة (راجع الخطط للمقريزى ج 2 ص 496) جلس على كرسى مار مرقص الرسول لأمه الأقباط مدة 25 سنة وتنيح سنة 1189م.
بعد تنيح الأنبا مرقس الثالث رُشح القس ابي الياس لكن الذي نال المركز هو الانبا يونس بن ابي غالب (يوأنس السادس البطريرك الـ 74) الذي كان من أصحاب الثراء وله تجارة وأملاك ومصانع، ولم يكن راهبا ولا تشير المصادر الى اية علاقة له بالكنيسة، انما تشير الى مقدار ثروته المالية، وان كان قد اظهر هذا البطريرك خلال مدة ولايته عزوفا عن المال وصرف جزءا كبيرا من ثروته على الفقراء والمساكين. وهو الذي سن القانون الذي يقضي بأن لا يجوز لأي كنيسة أن تقبل قسا غير معروف ليؤدي بها الخدمات الدينية دون أن يكون معه تصريحا كتابيا بذلك. تنيح الأنبا يوأنس السادس سنة (1216م).
ىعد تنيح الأنبا يوأنس السادس انقسم الأساقفة في مصر، البعض رشح داود بن لقلق للحصول علي هذا المنصب الجليل بزعامة الشيخ أبو الفتوح بن النيقاط (كان رئيس ديوان الجيوش أيام الملك العادل)، والبعض الآخر من الأساقفة مؤيدا بالشعب لم يرضوا به لأنه كان مطرودا من ديره لأسباب جوهرية تجعله غير أهل للرياسة. ألح الشيخ أبو الفتوح في تعيينه ولم ينجح في إقناع معطم الأساقفة، فعمد لنيل مبتغاه بالقوة. استطاع استمالة بعض الأساقفة بالترهيب أوالترغيب، وبما له من دالة علي الملك استطاع الحصول على أمر بتولية ابن لقلق البطريركية، واختاروا يوم الأحد التالي للاحتفال بتنصيبه في دير المعلقة بمصر القديمة.
وعندما شاع هذا الأمر احتد الأساقفة ورجال الأكليرس المعارضين وأثاروا غضب الشعب، وتظاهروا بأعداد كبيرة وكادت أن تكون فتنة، تدارك الأمر أحد الأقباط المشهورين ويدعى الأسعد بن صدفة الكاتب (كاتب دار التفاح) الذي نصح الجموع بتوخي الحكمة والاستعانة على القوة بالقوة، واختار جماعة منهم وخرج بهم ليلا قاصدا دار الكامل (ابن الملك العادل) للاستعانة به لإقناع والده بسحب أمر التولية. ولما صاروا في حضرته شرحوا له المسألة فوعدهم بإجابة مطلبهم. بعد انصرافهم توجه الكامل إلي قصر أبيه الملك العادل وشرح له عدم اجتماع كلمة الأقباط على تولي أمرهم راهب معزول لأسباب قانونية وأن هناك بعض الأساقفة محتجزين بالقوة بمصر القديمة لإرغامهم على رسمه اعتمادا على أمر الملك الذي بيد الشيخ أبو الفتوح. أمر الملك بإرسال جند لإحضار الأساقفة المحتجزين ليتحقق منهم صدق الخبر.
في فجر يوم الأحد المتفق عليه وكان ابو الفتوح وأساقفته وابن لقلق في طريقهم إلى مصر القديمة لتنفيذ الأمر، لاقاهم الجند يتبعهم جمع غفير من الناس فانقضوا عليهم وأثخنوهم ضربا وسبا وطلبوا ابن لقلق ليفتكوا به فهرب منهم. ولما بلغ الملك خبر هذا الحادث، أمر ألا ينصب بطريركا إلا من يرضى به الجميع وتجتمع كلمة الأمة عليه. و حين أيقن أبو الفتوح من فشله في تنصيب ابن لقلق وقف ومؤيديه حجر عثرة في وجه تولية غيره، وبسبب ذلك بقي كرسي الرياسة خاليا لمدة عشرين عاما، مات خلالها معظم الأسلقفة المعترضين علي رياسة ابن لقلق.
توفي الملك العادل وتولي ابنه الملك الكامل، الذي كان في حاجة ماسة للأمول لتمويل الجيوش لمحاربة الفرنجة. وكان هناك راهب يسمي عماد اشتهر بالخبث والفساد ومعاكسة الكبراء والأغنياء ووضعهم في ورطات لا يمكنهم التخلص منها إلا بدفع غرامات طائلة. اجتمع هذا الراهب بداود بن لقلق واتفق معه أن يسعى لتمكينه من الرياسة علي شرط أن يتعهد بدفع ثلاثة آلاف دينار لخزينة الدولة. وكان لعماد هذا معرفة بأمير من حاشية الملك الكامل يدعي فخر الدولة، محبوب ومسموع الكلمة عند الملك الكامل فقصده وأخبره بالأمر فوعده بنوال المراد. وبواسطته صدر أمر ملكي بتنصيب داود بن لقلق بطريركا لمصر بعد دفع ما تعهد به.
في عام 1235م/633هـ نُصب داود بن لقلق ليكون البطريرك الـ 75 وسمي كرلس الثالث. لم يجسر أحد على مخالفة مرسوم الملك، ولكن لم يمض زمن حتى نفرت قلوب الناس منه بسبب شدته وسوء تدبيره وشراهته وحبه للمال والحصول عليه بطرق غير جائزة، وكانت معظم الأبروشيات قد خلت من الأساقفة فصار لا يولي أسقفا إلا من يتقده أكثر من سواه بدون مراعاة للأهلية والاستحقاق. ولسبب غير معروف قبض عليه الملك وألزمه بدفع ألف وخمسمائة دينار، فاتخذ هذه الغرامة ذريعة للحصول علي الأموال. وأصدر أمرا إداريا باتباع جميع الأديره له مباشرة وفرض عليها مبالغ تدفع له سنويا، ونزع بعض البلاد من أبروشياتها وأتبعها له وربط عليهاعوائد تدفع ليده خاصة، فتكدر من ذلك الأساقفة فنقموا عليه هم ورؤساء الأديرة، وصاروا يترددون عليه ويعاتبوه فتركهم وتوجه للإسكندرية للإقامة بها.
ومن سوء تدبيره أيضا أنه تعدي على حقوق بطريرك إنطاكية (السرياني) بأن عين بطريركا قبطيا سمّاه مطران سوريا وأرسله لمدينة القدس بدعوى أن في سوريا كثير من الأقباط الذين لا يعرفون اللغة السريانية التي يصلّي بها السريان في كنائسهم، وأفسد بذلك العلاقات الودية القديمة والاتحاد الذي كان بين السريان والأقباط. وقابل بطريرك السريان الشر بالشر وعين هو أيضا مطرانا من عنده للحبشة نكاية في كرلس، وكثر سخط الناس عليه ونصحه الشيخ أبو الفتوح وغيره من كبراء الأمة ورجال الأكليروس مرة بعد مرة فلم ينتصح فاجتنبوه ولم يعد أحد يقترب منه أو يجتمع به، وزاد هو في عناده واستبداده وأكثر من الطلاق والزواج والتوريث بما يخالف اللوائح والقوانين الشرعية، واشتري بمال الظلم خصيانا من رعاع الناس وقربهم إليه، ولم يحقق الحكام في الشكاوى العديدة المقدمة في حقه لأنه كان يهاديهم ويرشيهك خاصة والي القاهرة الذي أعماه كرلس بالعطايا.
ولما مات الملك الكامل خاف كرلس سوء العاقبة وأخذ يتظاهر بالاعتدال والامتناع عن الدنايا، ولم تمض أيام حتي عاد لما كان عليه وأشرّ. نتيجة هذا التقلب وعدم الثبات والتلاعب بمصالح الأمة انقلب عليه حليفه الراهب عماد وهيج عليه خواطر الناس ورجال الأكليروس فاجتمعوا به وطالبوه بأربعة
1ـ الإقلاع عن السيمونية والرشوة.
2ـ احترام حقوق بطريرك السريان، وألا تتجاوز سلطة المطران الذي عينة في مدينة غزة.
3ـ عزل رجال الأكليروس الذين قلدهم الوطائف الدينية بغير استحقاق.
4ـ تعيين أحدالأساقفة المتدينين وكيلا للدار البطريركية.
لم يكتف كرلس بعدم تلبية هذه المطالب، وسعي لدي الحاكم ورمي الراهب عماد بكل النقائص فقُبض علي عماد وزج به في السجن, ولما طفح الكيل اجتمع أربعة عشر من الأساقفة بالدار البطريركية بالمعلقة وألزموه بالحضور من الإسكندرية وتم عقد مجمعا مؤلفا من الأكليروس وكبراء الأمة للنظر في إصلاح الأحوال التي اختلت بسببه، وأمام إصرارهم استجابوو قع علي المشروع الدستوري المقدم منهم وتعهد بتنفيذه. أهم بنود هذا المشروع: التحذير من بيع الوطائف الدينية بثمن، لا يقلد أسقفا إلا من كان مشهودا له بالعلم وحسن التدبير والتقوى والورع إضافة للأهلية والاستحقاق ورضاء الرعية، ألايقبل القضاة الدينيين عطايا أو هدايا من المتقاضين ومن يخالف ذلك يقطع. تجمع قوانين الفصل في قضايا الزواج والطلاق والميراث والوصايا وغيرها في كتاب يوزع علي جميع الأبروشيت للعمل بمقتضاه، ترد الكنائس والأديرة التي خصها البطريرك لنفسه إلي الأبروشيات التي كانت تابعة لها، لا تقبل شكوى في حق أي راهب دون تحقيق، الفصل في قضايا الرهبان لا يكون بمعرفة العلمانيين، لا يقطع أي أسقف لأي سبب إلا بعد إنذاره مرتين كتابة ومرة شفاهة، لا يكون للبطريرك حق في النذور التي تقدم للكنائس في الأعياد، لا يجوز قطع مؤمن بسبب حضوره الصلاة بكنيسة عير كنيسة الأبروشية التابعة لها في الأعياد.
تظاهر كرلس بالموافقة ولكنه حاول التنصل مرات ومرات واستمر في عناده وسوء تدبيره إلي أن مات (1243م) بعد أن استمر في الرياسة ثمان سنوات لم ير فيها يوما واحدا من الراحة، ولما مات شكر الناس الله على ذلك وهم يهنئون بعضهم بعضا على خلاصهم منه
