مهندس قبطي ظهر اسمه في عهد الطولونيين، وغالبًا ما يُنسَب إلى ناحية فرغان بمركز ديرب نجم بمحافظة الشرقية أو إلى مدينة الفراجون التي اندثرت ومحلها اليوم مدينة سيدي سالم بمحافظة كفر الشيخ.
أول ما نسمعه عنه أنه تولى عمارة مقياس النيل في جزيرة الروضة سنة 864 م. بعد أن أمر بعمارته الخليفة العباسي المتوكل. ولما تولى أحمد بن طولون حكم مصر عهد إليه ببناء أهم منشآته، فبنى له أولًا قناطر بن طولون وبئر عند بركة حبش لتوصيل الماء إلى مدينة القطائع بين عامي 872 و 873 م. وحدث لما ذهب ابن طولون لمعاينة العمل بعد انتهائه أن غاصت رِجل فَرَسِه في موضع كان لا يزال رطبًا، فكبا الفرس بابن طولون، ولسوء ظنه قدَّر أن ذلك لمكروه أراده به النصراني، فأمر بشق ثيابه وجلده خمسمائة سوطًا وألقاه في السجن، وكان المسكين يتوقع بدلًا من ذلك جائزة من الدنانير!
بعد ذلك فكر ابن طولون في بناء جامع يكون أعظم ما بُنِي من المساجد في مصر، ويقيمه على ثلاثمائة عمود من الرخام، فقيل له أنه لن يجد مثل ذلك العدد إلا إذا مضى إلى الكنائس في الأرياف والضياع الخراب ويحملها من هناك. وبلغ الأمر للفرغاني وهو في السجن، فكتب لابن طولون يقول له أنه يستطيع أن يبنيه بلا أعمدة إلا عمودي القبلة، وصوّره له على الجلود فأعجبه واستحسنه وأطلق سراحه وأطلق له النفقة حتى يقوم بالبناء، وبعد الانتهاء أمَّنه ابن طولون على نفسه وأمر له بجائزة عشرة آلاف دينار.. ويشهد جامع ابن طولون بعبقرية هذا المهندس القبطي، إذ ترى العقود المدببة في الجامع قبل أن يُعرَف استخدامها في إنجلترا بقرنين على الأقل.
فيما يختص بما انتهى إليه أمر هذا المهندس القبطي، فإن بعض المصادر تروي أن ابن طولون عرض عليه اعتناق الإسلام فأبى وتمسك بإيمانه المسيحي، فقُطِعت رأسه ومات شهيدًا. ويذكر أبو المكارم في كتابه المنسوب خطأ لأبي صالح الأرمني "ذكر في دلال الأعياد" أنه في اليوم السابع من كيهك قُطِعت رأس ابن كاتب الفرغاني وجسده محفوظ في كنيسة القديس قلته.
