فى ذكر رحيله الزعيم العلاقة بين البابا كيرلس والرئيس جمال عبد الناصر

 على أية حال،لم تكن العلاقة بين البابا كيرلس السادس والرئيس جمال عبد الناصر في البداية علاقة قوية، ويُقال أن شفاء أحد أولاد عبد الناصر بصلوات قداسة البابا،كان لها تأثيراً قويا في تدعيم العلاقة بينهما حتى أن الرئيس جمال قال للبابا:"أنت منذ الآن والدي... أنا ها قولك يا والدي على طول. وزي ما بتصلي لأولادك صلي لأولادي... ومن دلوقت ما تجنيش القصر الجمهوري... البيت ده بيتك وتيجي في أي وقت أنت عاوزه". وقد عبر الكاتب السياسى"محمد حسنين هيكل" فى بعض مقالاته، عن هذه العلاقة قائلاً:  "كانت العلاقة بين البابا كيرلس والرئيس جمال عبد الناصر ممتازة  وعـــلاقات إعجاب متبادل، وكان معروفــــاً أن البطريرك يستطيع مقابلة  جمال عبد الناصر فى أى وقت، يشاء، وكان كيرلس حريصاً على تجنب المشاكل، وقد استفـــاد كثيراً من علاقته الخاصة بعبد الناصر فى حل العديد من المشاكل". كما ذكر القس "رفــائيل آفامينا" فى كتابه "مذكراتى عن حياة البابا كيرلس السادس" مدى حب البابا كيرلس السادس لمؤسسة الرئاسة،من خلال  لقاء جمع ما بين  البابا  والرئيس "جمال عبد الناصر " حيث تحدث البابا كيرلس  للرئيس عبد الناصر قائلاً" إنى بعون الرب سأعمــــل على تعليم أبنائى معرفة الرب، وحــــب الوطن، ومعنى الأخوة الحقة ليشب الوطن وحدة قــوية لديها الإيمان بالرب والحب للوطن".
 

  وقد نجح البابا كيرلس السادس بحبه المعهود فى اللقاء الذي جمعه بالريس جمال عبد الناصر فى 8 مايو1965م على تخفيف الإجراءات العشرة لشروط بناء الكنائس،إذ وافق الرئيس على طلب البابا ببناء 25 كنيسة سنويا يحدد البطريرك أماكنها، كما كان من نتائج هذا الاجتماع أن أمر الرئيس بفتح كنيسة حدائق حلوان التى ظلت مغلفة ما يقرب من العام، وقال الرئيس أن أماكن العبادة لابد أن تنتشر ويجب ان يعرف الجميع الله. وان الإيمان يجب أن يمس كل القلوب .ولا تنسى الكنيسة القبطية المصرية الموقف الوطنى للزعيم "جمال عبد الناصر" الذى أصدر قراراً بإنشاء الكاتدرائية المرقيسة بالعباسية، ووضع حجر تأسيسها فى 24 يوليو1965م،حتى تتماشى مع مكانة الكنيسة المصرية". وقد عبر "محمد حسنين هيكل" فى كتابه "خريف الغضب" قائلاً: كان الرئيس يدرك المركز الممتاز للكنيسة القبطية ودورها الأساسى فى التاريخ المصرى، ثم أنه كان واعياً بمحاولات الإستقطاب التى نشط لها مجلس الكنائس العالمى .. وهكذا فإنه قرر على الفور أن تساهم الدولة بنصف مليون جنية فى بناء الكاتدرائية الجديدة، نصفها يدفع نقداً ونصفها الآخر يقدم عيناً بواسطة شركات المقاولات التابعة للقطاع العام والتى يمكن أن يعهد إليها بعملية البناء..." .
 

   وفى حفل إفتتاح الكاتدرائية المرقيسة بالعباسية فى25 يونية 1968م، توجت العلاقة بين الكنيسة والسلطة السياسية حيث حضر الرئيس" جمال عبد الناصر" رغم مرضه، وإمبراطور الحبشة(أثيوبيا) "هيلا سلاسى"، وممثلو الكنائس العالمية. وفى 26 يونية 1968م دشن قداسة البابا كيرليس مذابح الكاتدرائية بصلاة القداس،كما أودع رفات مار مرقس الرسول التى أحضرها من ايطاليا تحت هيكلها الكبير.