أنشئت بالقاهرة سنة 1875 بهدف دراسة الجغرافيا والقيام بالمسح في أفريقيا. تصدر مجلات سنوية أحدها بالفرنسية، وتنشر أبحاث علمية، وتلقي محاضرات وندوات. تضم مكتبتها مجموعة قيمة من الكتب والخرائط والمخطوطات، وفيها متحف لعلم الأعراق.

كان الخديوى إسماعيل مهتمًا بالبحوث الجغرافية التي كانت تجري في إفريقيا، ولا سيما في الجهات التي كُشفت من منطقة منابع النيل، فأنشأ الجمعية الجغرافية الخديو في 19 مايو 1875، لتكون دار محفوظات لما يُجمع هناك من الآثار والتحف، وليرجع إليها من يريد البحث والاستقصاء وأسند رئاستها إلى عالم النبات والمستكشف الألمانى غورغ أوغست شفاينفورت.

تلقت الجمعية في أول عهدها بحوثًا من المستكشفين الذين جالوا مجاهل إفريقيا، أمثال ستانلي وبرتون وبيكر وجسي وماسون وبياجا ورولفس وبوردي، ونُشرت هذه الأبحاث في مجلة كانت تصدرها الجمعية سنويًا. كما اشتركت هيئة أركان حرب الجيش المصري والقائمقام محمد مختار بك والأميرالاي محمد صديق بك ومحمود الفلكي باشا في الاستكشافات الجغرافية، وأرسلوا نتائجها إلى الجمعية..

تغير اسمها بعد إعلان الجمهورية سنة 1953 لتصبح الجمعية الجغرافية المصرية.!!