أصدر الرئيس عبد الفتاح السيسى  قراراً بتجديد الثقة للأستاذ الدكتور أمين لطفي رئيسًا لجامعة بني سويف لحين الوصول لسن المعاش 
 

وجدير بالذكر أن الدكتور أمين لطفي رئيس الجامعة تقدم لرئاسة الجامعة  دون منافس  و نقل الجامعة نقلة كبيرة وقام بإنشاء 15 كلية جديدة منها ما هو فريدة من نوعه في مصر والشرق الأوسط ككلية الدراسات العليا للعلوم المتقدمة وكلية العلوم الصحية التطبيقية 
 

وقام بوضع خطة للوصول إلى 30 كلية و إنشاء المعهد القومي لليزر ومعهد تكنولوجيا المياه والبترول ومعهد علوم المسنين والمعهد القومي للقلب  
 

كما وجهت له اتهامات خلال فترة حكم الإخوان بالتعاطف معهم وبأنه روج لهم واستضاف قيادات الجماعة وشيوخ الدعوة السلفية بالجماعة كما قام بالتبرع ب 10 ألاف جنيه لتوكيل محامي للدفاع عن الدكتور محمد بديع مرشد الإخوان والأستاذ بالجامعة وطلاب الإخوان وهاجم دستور ثورة 30 يونيو إلا أن عاد وعدل موقفه وقام بفصل مرشد الإخوان وعدد كبير من أستاذة وطلاب الإخوان المسلمين.