وبعد تعلمه الإخراج السينمائى فى الولايات المتحدة الأمريكية ،عاد لمصر ليبدأ حياتع العملية فى الإخراج،فتميز بين المخرجين بإخراج العديد من أفلام السيرة الذاتية،فكان أول فيلم " بابا أمين " وهو الذى أخرجه عام 1950م، ولم يكن عمره يتجاوز الـ24 عامًا وبعد عام واحد إخرج فيلم " ابن النيل" 1951م، ولمدينة الإسكندرية مكانة كبيرة فى حياته فإخراج فيلم " إسكندرية لية "1978م، وفيلم حدوته مصرية،وإسكندرية كما وكمان عام 1990م، قام بأخراج كثيرا من الأفلام تضمنت قائمة أعمالة أفلام " فجر يوم  جديد 1963" "والاختيار1970 " والعصفور 1973" أما فيلم "وداعاًبونابرت " 1985م ، فقد آثار جدلا كثيراً حيث رأى بعض النقاد أنة يرحب بفكرة الإستعمار الأجنبى وأيضًا آثار فيلمه التسجيلى "القاهرة منورة بأهلها " نفسى الجدل حيث رأى البعض فية مغازلة من جانب يوسف شاهين  للغرب؛ من أجل أن يحصل على العديد من  الجوائز عالمية.
 

    وحصل المخرج يوسف شاهين على العديد من الجوائز والأوسمة من داخل مصر وخارجها نذكر منها على سبيل المثال ، جوائز من الحكومة المصرية 1964م ومن تونس 1970م ومن برلين 1978م  ومن فرنسا 1987م،عن فيلم " المصير" عن قصة حياة وكتبات " ابن راشد " واعتبر هجوما على المتطرفين الإسلاميين وتم عرضة فى مهرجان كان 1997م بفرنسا، حيث تلقى يوسف فى هذا المهرجان جوائز عن جميع أعمالة طول حياتة، وفى عام 1998م تلقى دعوة من  معهد" فـان ليـر " لحضور المهرجان السينمائى، إلا أنه رفض للتضامن مع أطفال العراق ـ أثناءالحصار الأمريكى للعراق ما بين 1991ـ 2006 م ،حتى تم إعدام الرئيس العراقى صدام حسين ـ و رأس وفداً عربياً وسافر إلى احتجاجا على الخطر المفروض عليها.
 

   ومن أقـوال يوسف شاهين المشهورة عن السينما يذكر قائلاً:" حين أستعرض مشواري مع السينما المصرية بكل سلبياته وإيجابياته.. وبكل ما قدمت من إضافات وبكل ما حصلت عليه من عذابات.. أستطيع القول إنني أخذت من السينما بقدر ما أعطيتها، وأن رحلتي مع السينما المصرية كانت تستحق كل ما قدمته من أجلها"،وظلفى عطائه للسينما المصرية حتى رحل عن عالمنا الفانى فى 27 يوليو 2008م ودفن بمقابر الروم الكاثوليك بمنطقة الشاطبي في مدينته الإسكندرية التي عشقها وخلدها في   من أفلامه.