ان خلط الدين بأنظمة الحكم احد أهم الأسباب للمشاكل الطائفية والمادة الثانية في دستور 1923 م كانت تنص علي ان الدين الاسلامي دين ألدوله واللغة العربية لغتها الرسمية وبالرغم من ذلك فان الدكتور طه حسين أكد ان هذه المادة ستثير الفرقة بين المسلمين بعضهم البعض ولم ينتبه احدالي ذلك وفي السبعينيات نتيجة لذهاب بعض المصريين الي دول الخليج نقلوا التطرف الي مصر وبالرغم من ان الأغلبية من المصريين مسالمين الا ان هناك اقليه متعصبة تثير ذعر بالمجتمع بالإضافة الي ان المدرس قد يكون لديه منهج خفي يدرسه للطالب في المدرسة نحتاج الي إعادة تأهيل المعلم وتغيير المناهج التعليمية 

كما أوضح المفكر القبطي كمال زاخر ان ما نحن نعاني منه ممتد منذ أحداث الخنكه وحتي الان ونحتاج ان نجفف منابع الاضطهاد  ولاننسي ان الأنظمة السابقة وحتي الان عزلت الجنوب وعلينا ان نسمي الأشياء بمسميتها فالطائفية طائفية ونحتاج ان نطبق الدستور علي الارض ويتسائل:اين رجال الدين والتعليم والثقافة الي متي نعتمد علي الحلول الأمنية ؟؟ فنحن نحتاج ان نجفف المنابع وان يتم تطوير الخطاب الديني