لم يكن يعرف القس أنجيلوس إسحق الذي قضى أغلب فترات حياته بالبحيرة، أنه سيكون حديث ومحط أنظار الكثيرين، خلال الأيام التي تلت نياحة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية السابق.
 

وذلك عندما قبل الأنبا باخوميوس مطران البحيرة ومطروح والمدن الخمس الغربية أن يكون قائم مقام البابا عقب رفض الأنبا ميخائيل مطران أسيوط للمنصب ،نظرًا لتقدمه في العمر. 
 

الأنبا باخوميوس عندما صار قائم مقام استغنى عن الأساقفة أعضاء السكرتارية الخاصة بالبابا شنودة وآتي بالقس أنجيلوس إسحق سكرتيرًا شخصيا له، وقام القس أنجيلوس بدوره كسكرتير مع الأنبا باخوميوس بشكل مرضي لكثيرين، فوقتها كان يجيب على الاتصالات الهاتفية للإعلاميين، ويرد على استفساراتهم، ولكن مع مرور الوقت بدأ الكثيرين يعبرون عن غضبهم منه، بل وأمتد الأمر لأن يتمنى البعض أن يتم تغيير طاقم السكرتارية مع جلوس البابا تواضروس الثاني على كرسي مارمرقس. 
 

لكن المفاجأة لهؤلاء  البابا تواضروس اتخذ قرار بالإبقاء على القس أنجيلوس وضم القس أمونيوس والقمص مكاري معه ، لكن حالات الرفض لوجود القس انجيلوس وعدد الذين يشتكون منه زاد خاصة مع مسؤوليته عن تنظيم مواعيد البابا تواضروس وترتيب المقابلات له. 
 

بعض الأصوات العاملة بالكاتدرائية بدأت في الخروج لتشير إلى علاقة ما بين القس أنجيلوس والأنبا إرميا الأسقف العام ورئيس المركز الثقافي القبطي، بل أن بعضهم يشير إلى أن القس انجيلوس، سبب أساسي في عودة ظهور الأنبا أرميا على الساحة عقب اختفاء لفترة طويلة منذ نياحة البابا شنودة الثالث. 
 

صمت القس أنجيلوس وعدم ظهوره كثيرًا سواء للرد على ما يروج ضده، جعل البعض يشير أكثر إلى أنه يحاول أن يفرج سياج عازل حول البابا تواضروس، خاصة بعدما "انقطعت أرجل" الصحفيين عن الذهاب للمقر لتغطية لقاءات البابا تواضروس، فقد صارت مواعيد البابا من الأسرار الخفية التي لا يعرف بها أحد إلا بعد انتهائها ،وذلك عندما يرسل العاملين بمكتبه "أيميل" بصور اللقاءات التي يكون متواجدًا في جميعها"، عقب انتهاء اللقاءات.

 

فيما أعرب بعض المتابعين للشأن الكنسي عن عدم بروتوكولية وجود سكرتير البابا في الصور التذكارية التي يلتقطها مع زواره،ولكن القائمين على العمل بالسكرتيرة وحدهم من يعرفوا السبب.